Міхновський відгукнувся на пропозицію керівників новоствореної Революційної української партії (РУП) і написав для неї програму «Самостійна Україна». 1902-го, після розриву з РУП, Міхновський заснував Українську народну партію (УНП), для якої написав мініфест «10 заповідей УНП». З усіх сил він намагався донести свої ідеї до людей: заснував україномовний журнал, друкував свої дописи у пресі, видавав книжечки, в судах захищав українських активістів.
Микола Міхновський одним з перших почав відстоювати ідею формування власних збройних сил. На початку Української революції 1917-1921 років він заснував Український військовий клуб імені Павла Полуботка, став одним з організаторів 1-го Українського полку ім. Хмельницького.
Після встановлення гетьманату Павлові Скоропадському пропонували кандидатуру Миколи Міхновського на посаду голови уряду. Гетьман запропонував тому лише пост «бунчужного товариша» (особистого радника), від якого Міхновський відмовився.
Після встановлення більшовицької влади він деякий час жив на Кубані, а 1924-го повернувся до Києва, де його одразу ж заарештували органи ГПУ.
3 травня 1924 року Миколу Міхновського знайшли повішеним у саду садиби його друга Володимира Шемета. У передсмертній записці було таке: «Ніж вони мене, краще я сам себе»…